Abp Víctor Manuel Fernández urodził się 18 lipca 1962 r. w Alcira Gigena, w prowincji Córdoba w Argentynie. Jego ojciec, Emilio, był sklepikarzem, który wspierał Raúla Alfonsína, radykalnego przywódcę politycznego. Fernández w 1988 r., podjął studia filozoficzno-teologiczne w Wyższym Seminarium Duchownym w Cordobie. Został wyświęcony na diakona 21 grudnia 1985 r., a na kapłana w dniu 15 sierpnia 1986 r. w Río Cuarto.

W 1988 r. uzyskał magisterium z teologii ze specjalizacją biblijną na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie, a w 1990 r. doktorat z teologii na Wydziale Teologicznym Papieskiego Uniwersytetu Katolickiego w Argentynie, przedstawiając rozprawę na temat relacji między wiedzą a życiem u św. Bonawentury.

W diecezji Río Cuarto był w latach 1989-1997 dyrektorem wydziału katechetycznego i doradcą ruchów świeckich, w latach 1990-1993 założycielem i rektorem Wydziału Nauk teologicznych i Filozoficznych Jezusa Dobrego Pasterza oraz Diecezjalnego Instytutu Formacji Świeckich. W latach 1993-2000 był proboszczem parafii św. Teresy od Dzieciątka Jezus.

Pod koniec lat 90. zastosował się do zalecenia arcybiskupa Buenos Aires Jorge Bergoglio i odrzucił zaproszenie do kierowania instytutem teologicznym w Bogocie.

Był ekspertem Komisji Wiara i Kultura oraz Sekretariatu Formacji Stałej Konferencji Episkopatu Argentyny, członkiem zespołu refleksyjnego, który doradzał episkopatowi Argentyny w zakresie aktualizacji Linii Duszpasterskich (NMA), a także współpracownikiem CELAM w dziedzinie pastoralnej refleksji teologicznej, oraz ekspertem w Komitecie Redakcyjnym V Zgromadzenia Ogólnego Konferencji Episkopatu Ameryki Łacińskiej w Aparecida w 2007 roku.

Był profesorem wielu przedmiotów w kilku instytucjach. Wykładał na Wydziale Teologicznym Papieskiego Uniwersytetu Katolickiego Argentyny, a także we Franciszkańskim Instytucie Teologicznym Świętego Antoniego z Padwy.

Był współredaktorem kilku książek opublikowanych przez Wydział Teologiczny katolickiego Uniwersytetu Argentyny i w latach 2003-2008 dyrektorem czasopisma teologicznego. Przewodniczył również Argentyńskiemu Towarzystwu Teologicznemu od września 2007 do grudnia 2009.

Kierował Wydziałem Teologii na Papieskim Uniwersytecie Katolickim w Argentynie, kiedy kardynał Bergoglio nominował go rektorem tej uczelni 15 grudnia 2009 r. Złożył przysięgę 20 maja 2011 r., dopiero po tym, kiedy jego nominacja została potwierdzona przez Kongregację Edukacji Katolickiej, która wcześniej wstrzymała swoją zgodę. Konieczne były wyjaśnienia Fernandeza na zastrzeżenia do jego nominacji stawiane przez Kongregację Nauki Wiary.

Papież Franciszek 2 czerwca 2018 mianował Fernándeza arcybiskupem tytularnym Tiburnii, a 15 czerwca 2013 r. otrzymał sakrę biskupią w katedrze metropolitalnej w Buenos Aires z rąk arcybiskupa Buenos Aires, Mario Poliego. W darze od papieża otrzymał jego pektorał. Był pierwszym rektorem uniwersytetu, który został mianowany arcybiskupem. Papież Franciszek powołał go do komisji, która opracowała przesłanie końcowe (relatio) Nadzwyczajnego Synodu Biskupów na temat rodziny, który odbył się w październiku 2014 r. Franciszek mianował go członkiem XIV Zwyczajnego Zgromadzenia Ogólnego Synodu Biskupów w październiku 2015 r. i powołał do komisji redakcyjnej relacji końcowej, która została przedłożona uczestnikom synodu do głosowania.

W dniu 17 grudnia 2016 r. został mianowany konsultorem Kongregacji Edukacji Katolickiej. Zakończył swoją kadencję jako rektor Papieskiego Uniwersytetu Argentyny w dniu 25 kwietnia 2018 r. po upływie dwóch kadencji na tym stanowisku.

Cieszy się zaufaniem papieża Franciszka i jest powszechnie uznawany za współtwórcę adhortacji Evangelii gaudium. Przypisuje mu się również ważny wkład w encyklikę Laudato si'. Był ponadto głównym redaktorem adhortacji apostolskiej Amoris Laetitia, wydanej przez Franciszka w 2016 r. po dwóch sesjach Synodu Biskupów na temat rodziny.

Opublikował ponad 300 książek i artykułów w Argentynie oraz w krajach Ameryki Łacińskiej i Europy, które zostały przetłumaczone na kilka języków, w tym angielski, portugalski, francuski, włoski i polski. Jego pisma duchowe łączą naukowość z praktycznością, wkładem psychologii, egzegezą biblijną i dialogiem z innymi religiami.