W wolnej Polsce

17 lipca 1989 - po przeszło czterech dziesięcioleciach od zerwania Konkordatu – zostały wznowione pełne relacje dyplomatyczne pomiędzy Polską a Stolicą Apostolską. W ten sposób Polska znalazła się w gronie ponad 180 krajów, które nawiązały stosunki dyplomatyczne ze Stolicą Apostolską i posiadają uregulowane relacje między Kościołem i państwem.

26 sierpnia 1989 r. Jan Paweł II mianował nuncjuszem w Polsce ks. prał. Józefa Kowalczyka. Przybył on na stałe do Warszawy 23 listopada 1989 r. Z kolei prezydent Jaruzelski mianował ambasadorem przy Stolicy Apostolskiej Jerzego Kuberskiego, który wkrótce został zastąpiony przez prof. Henryka Kupiszewskiego.

Jednym z pierwszych kroków nuncjusza Kowalczyka było doprowadzenie do przywrócenia 21 stycznia 1991 r. Ordynariatu Polowego WP ‒ po 46 latach nieistnienia.

Reforma administracyjna Kościoła

Bullą „Totus Tuus Poloniae populus” ogłoszoną 25 marca 1992 r. Jan Paweł II dokonał historycznej reformy struktur administracyjnych (diecezjalnych) Kościoła w Polsce. Została ona przygotowana przez nuncjusza Kowalczyka wraz z komisją Konferencji Episkopatu Polski, której przewodził kard. Franciszek Macharski. Była to najszersza reforma struktur kościelnych w Europie po wojnie. Jej podstawową ideą – jak pisał Jan Paweł II w liście do Kościoła w Polsce, było: „pełniejsze dostosowanie misji Kościoła – czyli wszechstronnie podjętej ewangelizacji – do warunków i wymagań, jakie stawiają czasy”. Powołanych zostało 13 nowych diecezji, a 8 dotychczasowych zostało podniesionych do rangi metropolii, powołano też jedną nową archidiecezję. Ojciec Święty podniósł do godności arcybiskupów metropolitów 7 biskupów ordynariuszy, mianował 2 arcybiskupów metropolitów, 16 nowych biskupów diecezjalnych i 3 biskupów pomocniczych. Rozwiązano unię personalną między archidiecezjami gnieźnieńską i warszawską. Kard. Glempowi pozostał do 2009 r. tytuł Prymasa Polski jako „kustosza relikwii św. Wojciecha w Gnieźnie”.

Wcześniej Jan Paweł II 5 czerwca 1991 r., w czasie swej wizyty w Białymstoku, ogłosił decyzję o utworzeniu diecezji białostockiej oraz diecezji drohiczyńskiej.

Reforma struktur diecezjalnych kontynuowana była w latach 1996, 2004 i 2009. 31 maja 1996 r. Jan Paweł II utworzył metropolię bizantyńsko-ukraińską (greckokatolicką), w której skład weszła archidiecezja przemysko-warszawska oraz nowo utworzona diecezja wrocławsko-gdańska. W 2004 r. Jan Paweł II ustanowił dwie nowe diecezje: bydgoską i świdnicką oraz nową metropolię ‒ łódzką. Zwieńczeniem reformy było przywrócenie 18 grudnia 2009 r. tytułu Prymasa Polski metropolitom gnieźnieńskim.

Negocjacje na rzecz Konkordatu

Nuncjusz Kowalczyk szybko podjął prace nad przygotowaniem konkordatu między Polską a Stolicą Apostolską. 25 października 1991 r. przesłał Krzysztofowi Skubiszewskiemu, ministrowi spraw zagranicznych, projekt w językach polskim i włoskim, zaznaczając, że czyni to z upoważnienia Stolicy Apostolskiej. Przekazany ministrowi spraw zagranicznych projekt konwencji (konkordatu) obejmował preambułę i 26 artykułów. Zarazem nuncjusz, mający kierować dalszymi pracami ze strony Stolicy Apostolskiej, podał skład osób, które go będą wspierać w negocjacjach. Byli to: abp Jerzy Stroba, abp Bronisław Dąbrowski, bp Alojzy Orszulik, ks. Tadeusz Pawluk, ks. Tadeusz Pieronek, ks. Wojciech Góralski i ks. Edward Sztafrowski.

Upadek rządu Tadeusza Mazowieckiego, a następnie krótkie okresy rządów Krzysztofa Bieleckiego i Jana Olszewskiego, odwlekły prace nad tekstem konkordatu. Do włączenia się strony państwowej w tę sprawę doszło po objęciu funkcji premiera przez Hannę Suchocką. 24 marca 1993 r. min. Skubiszewski zaproponował rozpoczęcie rozmów ze Stolicą Apostolską. W tym celu załączył projekt proponowany przez stronę polską. Zarazem poinformował, że będzie przewodniczył delegacji polskiej. W jej skład weszli także Jan Maria Rokita, Zdobysław Flisowski, Jadwiga Skórzewska i Marek Pernal. Projekt polski w dużej mierze był zgodny z wersją zaproponowaną przez stronę watykańską. Różnice polegały na zaproponowaniu m. in. ustanowienia komisji parytetowej dla przygotowania norm związanych z finansami instytucji i dóbr kościelnych, artykułu poświęconego ochronie dóbr kultury o znaczeniu ogólnonarodowym znajdujących się w rękach Kościoła, opieki duszpasterskiej nad mniejszościami narodowymi oraz zapisu o dobrowolności w uczęszczaniu na religię w szkole.

Bezpośrednie negocjacje obu komisji trwały od 3 kwietnia do 29 czerwca 1993 r., a ich owocem był ostateczny tekst umowy między Polską a Stolicą Apostolską. 8 lipca tekst został zaaprobowany przez Jana Pawła II.

Podpisanie Konkordatu

Konkordat został uroczyście podpisany 28 lipca 1993 r. w Urzędzie Rady Ministrów. Sygnatariuszami byli abp Józef Kowalczyk ze strony Stolicy Apostolskiej i min. Krzysztof Skubiszewski w imieniu rządu polskiego.

Niestety zbiegło się to z rychłym upadkiem rządów „solidarnościowych”. Wybory we wrześniu 1993 r. wygrała koalicja Sojuszu Lewicy Demokratycznej, Polskiego Stronnictwa Ludowego i Unii Pracy, co otworzyło pięcioletni okres jałowych dyskusji uniemożliwiających ratyfikację umowy ze Stolicą Apostolską.